故事发生在2017年的地球，飞鸟信（鹤野刚士 饰）的父亲飞鸟一马是一名宇航员，在一次任务之中下落不明，长大后的信继承了父亲对正义的追求，成为了地球和平联合组织的一员，在学习和训练之中展现出了过人的实力，甚至打败了王牌飞行员由美村良（齐藤理沙 饰）。
在一次战斗后，光太郎发现自己变回了BLACK，而且三神官也出现在自己的面前。原来，克莱西斯帝国为了消灭BLACK RX，便想办法让RX变回以前力量不怎么强大的BLACK，并借机消灭他。
在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也...
三千年前，维达一族摧毁了电磁星，余下的电磁星人乘搭一座电磁岛前往地球。但岛上混进了维达怪物，电磁星人与它们展开战斗。其后电磁星人和维达怪物全部战死，岛上只剩下一只机械犬IC
